◇税收负担
被调查企业平均缴纳各项税金及附加占主营业务收入的4.2%，占企业净利润的96%，其中，占净利润超过100%的企业占21.5%，企业税收负担普遍较重。
增值税税负依然偏高。“营改增”全面实施后，被调查企业实现税负“只减不增”的占比48.1%，仍有超过一半的企业反映税负持平或有所上升。其中，道路运输业务缴纳增值税较“营改增”前增加96.8%。企业增值税税负较“营改增”前有所增加，这也是近年来企业反映比较集中的问题。调查企业反映，个体司机运费发票取得难、交通运输业税率偏高、通行费发票取得难是税负增加的三大主要原因，占比依次为56.7%、53.3%、48.3%。
为降低物流企业道路运输业务税收负担，“确保所有行业税负只减不增”，国家税务总局出台国家税务总局公告2017年第30号，明确了交通运输业承运人自行采购并交给实际承运人使用的成品油和支付的道路、桥、闸通行费，其进项税额准予从销项税额中抵扣。调查显示，享受该项政策的企业占比达到43.2%，政策适用性较强，贯彻落实较为明显。对于政策实施面临的主要问题，64.2%的企业表示挂靠个体司机无法提供运费发票，44.8%的企业认为通行费电子发票政策有待改进，43.3%的企业表示小规模纳税人代开运费发票取得难。
为解决通行费发票取得难问题，交通运输部会同国家税务总局出台《关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2017年第66号），明确了通行费增值税电子普通发票的编码规则、开具流程、相关规定、平台上线时间及业务投诉咨询等内容。调查显示，享受该项政策的企业占比达到44.8%，政策适用性总体较强。调查企业反映，挂靠个体司机由于自身没有开票资质，无法为托运人提供通行费发票，现金支付个体司机通行费仍然较为普遍。预付通行费无法取得可抵扣电子发票，在实际运输结束后第10个自然日才能申请开具可抵扣电子发票，导致企业无法及时核算成本和支付运费。
为解决个体司机运费发票取得难问题，国家税务总局先后下发《货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票管理办法》（国家税务总局公告2017年第55号）和《关于开展互联网物流平台企业代开增值税专用发票试点工作的通知》（税总函〔2017〕579号），明确了具备相关资格的纳税人可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地中任何一地，就近向国税机关申请代开增值税专用发票。以及纳入交通运输部“无车承运人试点企业”的互联网物流平台企业可以为同时符合相关条件的货物运输业小规模纳税人代开增值税专用发票，并代办相关涉税事项。
调查显示，享受上述两项政策的企业占比分别达到20.2%和16.3%，政策适用覆盖面没有达到预期。特别是行业寄予厚望的个体司机异地代开票政策真正落地有限。调查企业反映，受我国工商登记、税收管理和运输管理制度制约，作为实际承运人的个体司机难以取得个体工商户和个体运输业户等相关证照资质，不得不采取“挂靠”方式，将车辆产权让渡给“挂靠企业”，借用挂靠企业经营资质，支付一定挂靠费用并独立从事运输服务，这种模式已经成为实际承运人的主要组成部分。由于车辆产权名义上归属挂靠企业，因此实际承运人没有独立纳税登记号，无法为承运人开具运费增值税发票。这也是导致国税第55号公告和579号函缺乏实施基础，政策难以落地的重要原因，亟待有关部门调整完善相关资质准入条件。
土地使用税优惠政策落实不够。有31.5%的企业享受大宗商品仓储设施用地土地使用税减半征收政策。其中，企业减税幅度集中在10%以下和40%-50%两个区间，总体来看土地使用税减半征收政策有待进一步落实。无法享受土地使用税优惠政策主要是受使用货物范围较窄、出租仓储设施无法享受等问题影响，占比分别达50%、32.1%。此外，政府提高土地级别、仓储设施运营商无法享受、设施占地面积标准过高，也是政策执行中面临的重要问题。物流企业缴纳土地使用税后，仍需要缴纳房产税，且土地价值计入房产原值计税，存在一定的重复征税问题，增加了企业税收负担。
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